Die Dauerausstellung veranschaulicht die Entstehung und das Erscheinungsbild der Südtiroler Landschaften an ausgewählten Beispielen. Die BesucherInnen sollen sich die Exponate nicht nur anschauen, sondern zu einem aktiven Museumsbesuch angeregt werden.

Neben den klassischen Dioramen gibt es daher auch Modelle, Inszenierungen, Spiele, Experimente und als Highlights das 9.000 Liter fassende Korallenriffaquarium sowie das neue Nautilus-Aquarium.

Das Naturmuseum zeigt im Erdgeschoss mehrere Sonderausstellungen pro Jahr. Diese erhöhen wesentlich die Attraktivität des Museums und ermöglichen einen vertieften Blick auf die Bereiche der Dauerausstellung oder auf durchaus „exotische“ Themen.
Angeboten werden sowohl eigenständig produzierte Ausstellungen, als auch Ausstellungen in Gemeinschaftsarbeit mit anderen Institutionen. Mit Wanderausstellungen ist das Naturmuseum außerdem in anderen Häusern im In- und Ausland vertreten.